Hallo Adrian,
das ist ein sehr komplexes Thema. Ich versuche mal, meine Kenntnisse aus der professionellen Wasserentkeimung hier darzustellen.
Die Wirksamkeit von UVC bei der Inaktivierung von Mikroorganismen steht in direkten Zusammenhang mit den Faktoren Bestrahlungsintensität und Bestrahlungsdauer (Dosisprinzip), in der Regel in Mikrowatt pro Sekunde und Quadratzentimeter (µWs/cm²) . Grundsätzlich weisen dabei einfach strukturierte Mikroorganismen (z.B. Bakterien) eine deutlich höhere Empfindlichkeit auf als größere und komplexere Strukturen (.z.B. Schimmelpilze und Fischparasiten). Inaktivieren kann man sie alle, es ist lediglich eine Frage der Dosis.
Zunächst die Umrechnung der Einheiten:
1 W = 1000 mW
1 mW = 1000 µW
1 mW/m² = 0,1 µW/ cm² oder
1 µW/cm² =10 mW/m²
Die Dosis für UVC-Licht wird nach der Formel
Energie * Zeit * Fläche oder Mikrowatt-sec/cm2 (µW-s/cm2)
berechnet.
Dabei gilt:
Eine kurze Belichtung mit hoher Intensität kann genauso wirkungsvoll sein wie eine lange Belichtung mit niedrigerer Intensität, so lange das Produkt aus Energie multipliziert mit der Zeit das Gleiche ist (sog. reziprokes Dosisprinzip).
Das Design eines UV-Systems ist entscheident für die Erzielung einer korrekten UV-Dosierung. Das Wasser, das in die UV-Kammer strömt, sollte frei sein von Sedimentpartikeln, weil sich die Bakterien sonst hinter ihnen oder in deren Schatten verstecken könnten. Außerdem muss die Strömungsgeschwindigkeit des Wassers mit der Energie der Lampe übereinstimmen, damit die Mikroorganismen Zeit haben die UV-Strahlung aufzunehmen und dadurch inaktiviert werden.
Für die Trinkwasserentkeimung gilt ein Richtwert von 400 W/m², das bedeutet, umgerechnet:
400W/m² x 1000 = 400.000 mW/m² * 0,1 = 40.000 µW/cm²
Der Artikel aus korallenriff.de (link aus deinem Beitrag) enthält eine Tabelle mit Mindestbestrahlungsdosen in µW/cm²

Beim Trinkwasser geht es primär um Bakterien, viren und Pilze. Wie Du siehst, übertreffen die 40.000 µW/cm² die Werte z.B. für Bakterien und Viren um ein Vielfaches der dort angegebenen Werte.
In Der Praxis wird immer ein sog. "Overkillfaktor" draufgerechnet. D. h., man bleibt mit der Durchflußleistung immer unter der Herstellerempfehlung und erreicht damit sicher 99,99% Inaktivierung.
Aus einer anderen Tabelle habe ich diese Werte für zwei typische Referenzkeime:
UV-C Bestrahlungsdosis bei 254 nm zur Abtötung von 99,9 % verschiedener Mikroorganismen
Mikroorganismus Bestrahlungsdosis in mWs/cm²
Bakterium coli (im Wasser) 16,2 = 16.200 µW/cm²
Pseudomonas aeruginosa 16,5 = 16.500 µW/cm²
Auch hier sind die 40.000 µW/cm² deutlich höher inkl. Sicherheitszuschlag.
Also die Empfehlung: Die Strömungsgeschwindigkeit lieber etwas reduzieren und die Anlage permanent laufen lassen. Im Zweifel die UVC-Strahler immer eine Nummer größer als berechnet nehmen und dafür mit verringerten Durchfluß arbeiten, um eine nahezu vollständige Inaktivierung bekommen. Man sollte auch darauf achten, dass die Strahler nicht zu kompakt gebaut sind, da hier die zur Verfügung stehende Oberfläche und die Länge des Weges, den das Wasser nehmen muss entscheidend ist. So manche für Gartenteiche angebotenen und nur 20 cm langen Ministrahler taugen dafür eher nicht.
Viele Grüße
Salvelinus