Hi Nils,
leider kann man nicht alle Bakterien über einen Kamm scheren. Ich zähle mal die wichtigsten Gruppen für die Aquarstik auf:
- autotrophe Bakterien: sie nehmen anorganischen Kohlenstoff aus Kohlendioxid, bzw. Hydrogencarbonat oder Carbonat zum Einbau in die Zellen. Die Energie zum Leben nehmen sie aus z.B. Ammoniak oder Nitrit (die Nitrifikanten) oder z.B. aus Schwefel (die Bakterien im Schwefel-Nitratfilter). Diese Bakterien brauchen keinen organischen Kohlenstoff (können teilweise aber mit organischem Kohlestoff ein wenig besser wachsen; dann spricht man von mixotroph).
- heterotrophe Bakterien: sie nehmen organischen Kohlenstoff (Alkohol, Stärke, Zucker, Eiweiß....) auf, entnehmen die Energie und bauen den Kohlenstoff in ihre Strukturen ein. Für diese Prozesse wird Sauerstoff gebraucht. Den nehmen sie aus dem Wasser. Wenn dort keiner mehr ist, können einige Bakterien auch den Sauerstoff aus Nitrat verwenden (heterotrophe Denitrifikation). Wenn auch kein Nitrat mehr vorhanden ist, kann wiederum ein Teil dieser Bakterien Sulfat als Sauerstoffquelle verwenden - dann stinkt es nach Schwefelwasserstoff (faule Eier) und der Bodengrund wird schwarz. Und wenn nicht einmal mehr Sulfat vorhanden ist, geht's in die Gärung - dann ist das Aquarium endgültig am Ende. 
Weitere Infos:
https://www.aquacare.de/index.php/aqua…blick-welt.html
https://www.aquacare.de/index.php/aqua…ick-welt-2.html
Lebende Stein sind etwas ganz Besonders: außen leben die sauerstoffbedürftigen Bakterien und je weiter man nach innen kommt, nimmt die Sauerstoffversorgung ab und es wird Nitrat verwertet (abgebaut). Ähnlich funktioniert Siporax und andere Sintermaterialien - sie müssen nur offenporig sein. Wenn aber kein abbaubarer Kohlenstoff vorhanden ist, funktioniert die Denitrifikation nicht.